% compress versucht die Controls zu komprimieren (S.53)
\documentclass[compress]{beamer}

\usepackage[german]{babel}
\usepackage[latin1]{inputenc}

\mode<presentation>
{
  \usetheme{Wernigerode}  % Angepaßtes Boadilla
}

\usepackage{debian-at}

\title{Debian-Med}

\subtitle
{Integrative Softwareumgebung für alle medizinischen Bereiche auf der
 Basis von Debian GNU/Linux}

\author{\AndreasTille}

\institute{\Debian}

\date{Linuxtag, Berlin 2007}

\begin{document}

\begin{frame}
  \titlepage

\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Gliederung}
  \tableofcontents[pausesections]
  % Die Option [pausesections] könnte nützlich sein.
\end{frame}

\section{Was ist Debian-Med}

\subsection{Motivation}

\begin{frame}
  \frametitle{Motivation}
  \begin{itemize}
    \item Freie Software in Medizin noch nicht stark etabliert
    \item Einige Teilbereiche gut abgedeckt
    \item medizinische Datenverarbeitung %{\bf $\neq$}
          mehr als Praxis- und Patientendatenverwaltung
    \item präklinischer Bereich Mikrobiologie und Genetik sowie
      medizinische Bildverarbeitung
%    \item[\visible<5->{\includegraphics[width=3mm]{3dlogo}}]
    \item[\MyBigRightArrow]
         Pool vorhandener freier medizinischer Software
  \end{itemize}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Nutzerprofil}

  \begin{itemize}
    \item Kompetenzschwerpunkt Medizin
    \item Kein Interesse an Administration
    \item Interesse beschränkt auf freie \emph{medizinische} Software
    \item Bedarf für leichte Bedienbarkeit
    \item Hohe Sicherheit und Vertraulichkeit
    \item Bedienung und Dokumentation in der Muttersprache
    \item Einige "`Multitalente"'
  \end{itemize}

\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Community}

  \begin{itemize}
    \item Qualität korreliert mit Anzahl von Nutzern und Entwicklern
    \item Förderlich
    \begin{itemize}
       \item Universitäres Umfeld
       \item Organisierte Förderung
    \end{itemize}
    \item Hinderlich
    \begin{itemize}
       \item Werbung für proprietäre Software
       \item Unterschiedliche Präferenzen von Initiatoren
    \end{itemize}
  \end{itemize}

\end{frame}

%%\input debian-de-1
%%\input debian-de-2

\subsection{Warum Debian}
\input debian-unterschied-de

\begin{frame}
  \frametitle{Debian anpassen}
  \begin{itemize}
    \item Debian $\mathsf{>}$ 10000 Programm-Pakete
    \item Nutzer nur an \emph{Teilmenge} dieser Pakete interessiert
    \item Spezielle Nutzergruppe: Beschäftigte im Gesundheitswesen
    \item Sammlungen spezifischer Programm-Pakete sowie leichte Installation und Konfiguration
    \item \textbf{Keine Abspaltung ("`fork"')} von Debian
    \item[] \goal{Grundidee: Es wird keine separate Distribution erstellt, sondern
            Debian für Aufgaben in der Medizin angepaßt.}
  \end{itemize}

\end{frame}

% \input do-o-cracy-de

\begin{frame}
  \frametitle{Debian - adaptierbar für jeden Zweck?}
  \begin{itemize}
    \item Etwa 1000 freiwillige Entwickler
    \item Flexibel, da nicht an kommerzielle Interessen gebunden
    \item Entwickler haben Freiheit, Visionen zu verwirklichen, ohne Einschränkung durch Firmeninteressen
    \item Policy (=Regelwerk) sorgt für harmonisches Zusammenspiel aller Teile
    \item Gemeinsames Ziel aller Entwickler:\\
          Das beste Betriebssystem für sich selbst zu erhalten.
    \item Manche Entwickler arbeiten im "`realen Leben"' im medizinischen Umfeld
    \item Jeder Entwickler kann Einfluß auf die Entwicklung von Debian
      nehmen - er muß es einfach nur \important{in Angriff nehmen}
    \item[] \goal{Do-O-Cracy}
  \end{itemize}
\end{frame}


\section{Realisierung}

%% verkürzt: \input med-ziele-de
%\subsection{Ziele}
%
%\DebianMedSchemaDe

\subsection{Vorhandene Pakete}

\begin{frame}%[<+->][allowframebreaks]
% The command \framebreak is a shorthand for \pagebreak<presentation> and \noframebreak
% a shorthand for \nopagebreak<presentation>.
  \frametitle{Pakete Mikrobiologie}
\begin{description}
\item[\link{http://www.bioperl.org/}{BioPerl}]
  Sammlung von Perlmodulen mit Berechnungsmethoden für die
  Bioinformatik 

\item[\link{http://www.biopython.org/}{BioPython}]
  Python-Werkzeuge zur Entwicklung von Python-Bibliotheken und
  -Applikationen, die auf die Anforderungen der aktuellen und
  zukünftigen Arbeit in der Bioinformatik zugeschnitten sind

\item[\link{http://selab.wustl.edu/cgi-bin/selab.pl?mode=software}{BioSQUID}]
  Bibliothek von C-Funktionen zur Sequenzanalyse inklusive kleiner
  Hilfswerkzeuge, um Sequenzdateien zu konvertieren, Statistiken
  anzuzeigen, diese zu manipulieren und andere Funktionen auf sie
  anzuwenden

\item[\link{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/}{BLAST2}]
  offizielle NCBI-Version dieses Standardprogramms zum
  Sequence-Alignment

\end{description}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Pakete Mikrobiologie (Fortsetzung)}
\begin{description}
\item[\link{http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html}{Boxshade}]
  graphische Ausgabe von Sequenz-Alignment von Eiweiß- oder
  DNS-Sequenzen für die Weiterverarbeitung in
  Textverarbeitungssoftware. Die Daten müssen zuvor durch ein
  Alignmentprogramm (z.B. ClustalW) verarbeitet worden sein.

\item[\link{http://www.ebi.ac.uk/clustalw/}{ClustalW}]
  gleichzeitiges   Alignment von vielen Nukleotid- oder
  Aminosäuresequenzen. Es erkennt, welches Format benutzt wird und ob
  die Sequenzen Nukleinsäuren oder Aminosäuren sind. Die Ausgabe kann
  in verschiedenen Formaten erfolgen (z.B. PHYLIP-Format).

\item[\link{http://dialign.gobics.de/}{Dialign}]
  Berechnung mehrerer Alignments von Eiweiß- oder DNS-Sequenzen.
  Konstruktion von Alignments aus Gap-freien Paaren ähnlicher
  Segmente der Sequenzen.

\end{description}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Pakete Mikrobiologie (Fortsetzung)}
\begin{description}
\item[\link{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sts/epcr.cgi}{e-PCR}]
  Elektronische PCR, die eine DNS-Sequenz auf das Vorhandensein von
  Sequenz-markierten Sites überprüft. e-PCR sucht nach STSs in DNS-Sequenzen,
  indem es nach Subsequenzen sucht, die den PCR-Primern gut entsprechen und
  die richtige Reihenfolge, Orientierung und Abstände aufweisen, sodaß
  sie wahrscheinlich die Amplifikation eines PCR-Produkts mit dem korrekten
  Molekulargewicht primen

\item[\link{http://geta.life.uiuc.edu/\%7Egary/programs/fastDNAml.html}{fastDNAml}]
  der Versuch, das gleiche Problem wie DNAML (aus PhyLip) effektiver
  zu lösen, damit größere Bäume und/oder bootstrap-Replikate behandelt
  werden können.

\item[\link{http://www.gromacs.org/}{GROMACS}]
  
  vielseitiges Paket zur Darstellung molekularer Dynamik, d.h. die
  Simulation der Newtonschen Gleichungen für Systeme mit mehreren
  Hundert bis hin zu Millionen Partikeln.  Es ist hauptsächlich für
  biochemische Moleküle wie Eiweiße und Lipide entworfen, die viele
  komplizierte Bindungsinteraktionen besitzen.

\end{description}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Pakete Mikrobiologie (Fortsetzung)}
  \begin{itemize}
    \item \dots
    \item insgesamt mehr als 40 Pakete
    \item Übersicht unter \\
          \link{http://www.debian.org/devel/debian-med/microbio}{http://www.debian.org/devel/debian-med/microbio}
    \item Software wird entwickelt unter anderem von
      \begin{itemize}
         \item \link{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/}{National Center for Biotechnology Information (NCBI)}
         \item \link{http://www.sanger.ac.uk/}{Sanger Institute}
         \item \link{http://www.tigr.org/}{The Institute for Genomic Research (TIGR)}
         \item \dots
      \end{itemize}
  \end{itemize}
\end{frame}

% \subsection{Medizinische Bildverarbeitung}

\begin{frame}
  \frametitle{Pakete Bildverarbeitung}
\begin{description}
\item[\link{http://www.erl.wustl.edu/DICOM/ctn.html}{CTN}]
  {\em Central Test Node}: DICOM-Implementation zur Förderung
  kooperativer Demonstrationen von Herstellern bildgebender Geräte,
  entwickelt durch: Nordamerikanische Gesellschaft für Radiologie
  (RSNA)

\item[\link{http://www.ctsim.org/}{CTSim}]
  interaktiver Simulator für berechnete Tomografie.
 % Berechnete Tomografie ist die Technik, das Innere eines Objektes durch Messung
 % der Röntgenstrahlung-Absorption durch das Objekt zu schätzen. 
  CTSim besitzt sehr lehrreiche Modi zum Betrachten der
  Datensammel-Simulation als auch für die Rekonstruktion. 

\item[\link{http://dicom.offis.de/dcmtk.php.de}{DCMTK}]
  DICOM-Toolkit: Sammlung von Bibliotheken und Anwendungen, die
  große Teile des DICOM-Standards für medizinische
  Bildkommunikation implementieren; Anwendungen zum
  Untersuchen, Erzeugen und Konvertieren von DICOM-Bilddateien,
  Bearbeiten von Speichermedien, Versenden und Empfangen von
  DICOM-Bildern, etc.

\end{description}
\end{frame}
\begin{frame}
  \frametitle{Pakete Bildverarbeitung (Fortsetzung)}

\begin{description}
\item[\link{http://niftilib.sourceforge.net/}{Niftilib}]
  Niftilib ist ein Satz an I/O-Bibliotheken zum Lesen und Schreiben
  von Dateien im NIfTI-1 Datenformat. NIfTI-1 ist ein binäres
  Dateiformat zum Speichern von medizinischen Bilddaten,
  z.B. Kernspinresonanztomogrammen

\item[\link{http://xmedcon.sourceforge.net/}{MedCon}]
  Medical Image Conversion stellt ein flexibles
  Kommandozeilen-Werkzeug und eine grafische Oberfläche zur Verfügung.
  Unterstützte Formate: Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), Concorde, DICOM
  3.0, Ecat/Matrix 6.4, InterFile3.3, GIF und binäre Daten. Die
  Bibliothek (libmdc) kann von anderen Programmen zum Import und
  Export dieser Formate verwendet und für neue Formate erweitert
  werden.

\end{description}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Pakete Praxisverwaltung}

\begin{itemize}
  \item \link{http://gnumed.org/}{GNUmed}
     \begin{itemize}
        \item Praxisverwaltung mit spezieller Ausrichtung auf medizinische Dokumentation
	\item Internationalisiert
     \end{itemize}
  \item im Moment nur Client paketiert
  \item Server folgt
  \item viele alternative Projekte \RightArrow Zersplitterung
  \item GNUmed erscheint für Debian-Med gut geeignet
  \item weitere können folgen
\end{itemize}

\end{frame}

\subsection{Techniken}

\input pakete-de
\begin{frame}
  \frametitle{Metapakete und DebTags}

\begin{itemize}
  \item Debian-Med faßt Pakete durch Abhängigkeiten zusammen
  \item Installation von "`Metapaketen"' für Arbeitsbereiche
  \item Zusätzliches Nutzermenü
  \item Angepaßte Konfiguration (optional)
  \item Klassifikation von Anwendungen durch DebTags
\end{itemize}
\end{frame}
   
\begin{frame}
  \frametitle{Nutzermenüs}

  \begin{itemize}
    \item Nutzer mit Rolle \var{med} erhält zusätzliches Menü
          \begin{center}
            \resizebox{74mm}{!}{\includegraphics{menu-de}}
          \end{center}
    \item Gute Übersicht über relevante Software
    \item Jedes Paket hat einen Eintrag
    \item Andere Nutzer werden nicht damit belästigt
  \end{itemize}

\end{frame}

\section{Status}

\subsection{Erfahrungen}

\begin{frame}
  \frametitle{Top 10 Vorurteile über Debian-Med}

  \begin{enumerate}
    \item Debian-Med ist \emph{selbst} eine Praxisverwaltung
    \item Nur für Ärzte interessant
    \item Für Mikrobiologen / Medizinphysiker uninteressant
    \item Mediziner sollen es selbst installieren
    \item Debian-Maintainer programmieren Arzt-Software
    \item Debian-Med braucht keine Mithelfer
    \item Kann auch auf SuSE Linux eingesetzt werden
    \item Medizinische Software kann niemals frei sein
    \item Debian-Med ist bereits fertig
    \item Debian-Med ist der Stein der Weisen
  \end{enumerate}
\end{frame}

\subsection{Dienstleistung mit Debian-Med}

\begin{frame}
  \frametitle{Dienstleistung mit Debian-Med}

  \begin{itemize}
    \item Notwendigkeit für kommerziellen Support
    \item Erfordert Fachwissen von Medizin-Informatikern
    \item Geschäftsmodell: Dienstleistungen für medizinische Freie Software
      \begin{itemize}
        \item Software selbst kostenlos
        \item Einnahmen für Leistungen wie
          \begin{itemize}
             \item Beratung
             \item Installation
             \item Support
             \item Aktualisierung
          \end{itemize}
      \end{itemize}
  \end{itemize}
\end{frame}

\subsection{Ausblick}

\begin{frame}
  \frametitle{Zukunft}

  \begin{itemize}
    \item Vorraussetzungen in Debian sind gegeben
    \item Qualitativ hochwertige Open Source Medizinanwendungen werden gesucht
    \item Starkes Interesse seitens Entwicklern und Anwendern
    \item Basis für Dienstleister im Gesundheitswesen
  \end{itemize}
\end{frame}

\input med-end-de.tex

\end{document}


