Status freier Software für Spezialgebiete

Schwierig zu installieren
Schwierig zu betreuen
Schwer zu benutzen (teilweise fehlen GUIs)
Ungewöhnliche Lizenzen
Vom ursprünglichen Autor nicht weiter betreut
Portierungsprobleme (Architektur, Byteorder, 32/64Bit)
Datenformate nicht austauschbar
Parallele Entwicklung ein und derselben Funktionalität
Die verwendeten Software-Werkzeuge sind teilweise nicht für den Verwendungszweck geeignet
Fehlen einer Integrationsumgebung